1639年统计，采用标准化消毒流程后，外科术后感染率从十年前的65%骤降至9%，这一数据让欧洲外科医生望尘莫及。
对于横跨太平洋的移民船队和拓殖据点而言，疫病防治是生死攸关的课题。
新华医学在这一领域展现出超前的防控思维，构建了“检疫--免疫——公共卫生”三位一体的防疫体系。
1626年，当新华强制迁移墨西哥班德拉斯谷（今巴亚尔塔港）数十名西班牙移民来到始兴港时，便创立了首个海上检疫站，由此建立了对对所有外来船只和人员进行“三查”制度：检查船员和移民的健康记录、查询货舱卫生状况、核检动植物携带物。
针对大明常见的天花、鼠疫等烈性传染病，检疫站配备了隔离区和熏蒸消毒室。
1630年，广丰（今萨尼奇市）附近土著部落爆发天花疫情，新华政府除了立即启动封锁机制，隔离疫区外，还对辖境内的居民紧急种植牛痘，有效地避免了疫情向新华控制区内蔓延。
在传统中医“以毒攻毒”思想启发下，新华医学结合后世疫苗培养方法，于1635年改良了人痘接种术。
不同于大明直接使用天花痂皮的高风险操作，新华医生通过“多次传代减毒”技术，将天花病毒在牛、羊等动物体内连续培养二十多代，制成毒性微弱的疫苗。
1636年，新华境内开始推行移民入境痘苗由牛痘转为人痘，至去年截止，天花死亡率已从大明同期的30%降至0.5%（不含非归属土著部落居民）。
更具前瞻性的是，新华医学部门在1638年建立了“病原微生物实验室”，通过倍数逐年增大的显微镜观察到鼠疫杆菌、结核杆菌、炭疽杆菌等病原体，这比巴斯德的微生物研究早了两百年。
在临床领域，新华的医学进步更显震撼。
当欧洲的“二把刀”外科医生还在使用烧红的烙铁止血时，新华外科已进入“精细操作”时代。
当大明产妇仍在稳婆的汗水中挣扎时，新华妇科已建立起降低难产死亡率的系统方案。
新华外科的发展以“止血、镇痛、防感染”三大难题为突破口：1632年，根据诸多中医著作阐述，以及引进的大量大明郎中辅助配合，新华医学部门成功研发出含曼陀罗、乌头碱的“麻沸散改良剂”，通过口服的方式，可使患者进入浅麻醉状态。
1636年，又“发明”出银夹止血法，用特质的银质夹子闭合血管，取代了传统的烙铁烧灼。
1633年，西属墨西哥殖民当局大举入侵，新华陆海